با پیروزی انقلاب الجزایر، دولت موقت مستقر در مصر، به الجزایر آمد و فِرحت عباس رئیس جمهور الجزایر شد. اما کمتر از یک سال بعد، به علت بروز اختلاف با سران سوسیالیست FLN ، از قدرت کناره‌گیری کرد و احمد بن بلا بر مسند ریاست جمهوری تکیه زد و پیاده سازی الگوی سوسیالیستی در حکومت را دنبال کرد. جمعیت علمای مسلمان، به ریاست شیخ بشیر ابراهیمی، سوسیالیسم را ارتداد خواند و خواستار ارائهٔ الگوی عدالت اجتماعی اسلامی شد. موضع‌گیری سران اسلام‌گرا، موجب شد تا بن بلا، سایر احزاب را منحل و سیستم تک حزبی را مستقر کند و بشیر ابراهیمی را محصور سازد. با استقرار سیستم تک حزبی، بشیر ابراهیمی نسبت به وقوع جنگ داخلی هشدار داد.
دوران بن بلا دوام چندانی نیاورد و در سال 1965، سرهنگ هواری بومدین طی کودتایی، بن بلا را از قدرت ساقط کرد و خود زمامدار امور الجزایر شد. بن بلا به اتهام عدول از اصول انقلاب، ابتدا زندانی و سپس به بیروت منتقل و در ویلایی محصور شد.
علی‌رغم گذشت سه سال از خروج اشغالگران، الجزایر همچنان درگیر جنگ قدرت میان سران حاکم و تلاش آنها برای حذف یکدیگر بود.
بومدین تلاش کرد هر دو جریان اسلام‌گرا و سوسیالیست را جذب نموده و مدیریت کند. لذا جامعهٔ الجزایر در دورهٔ سیزده سالهٔ حکومت وی، بیشترین ثبات سیاسی را داشت.
پس از مرگ بومدین در سال 1978، دولت وی تحت مدیریت رابح بیطاط به پایان رسید و شاذلی بن جدید رئیس جمهور الجزایر شد که این آغازی بر بی ثباتی جامعهٔ الجزایر بود. پیروزی انقلاب اسلامی در ایران و ارائه الگوی حکومتی مبتنی بر اسلام ، موجب خودباوری و رونق احزاب اسلام‌گرا در الجزایر گردید. در سال 1980، دانشجویان مسلمان طی تظاهراتی خواستار احیای ارزش‌های اسلامی و بازگشت به خویشتن شدند. پس از آن، سلسله تظاهرات اسلام‌گرایان، بوسیلهٔ دولت بن جدید سرکوب گردید. در این راستا جنبش اسلامی مسلحانهٔ الجزایر در سال 1982 تشکیل شد. تلاش‌های اسلام‌گرایان، بن جدید را وادار کرد تا در سال 1989 نظام تک حزبی را به چند حزبی تغییر دهد. پس از این تغییر، شصت حزب در الجزایر تشکیل شد که در این میان، جبههٔ نجات اسلامی، شاخص‌ترین حزب اسلام‌گرا به شمار می‌آمد.
این حزب در انتخابات سال 1990، به رهبری عباس مدنی، حائز اکثریت آرا شد. پیروزی جبههٔ نجات اسلامی، اختلافات دولت با اسلام‌گرایان را شدت بخشید و با فشار نظامیان، بن جدید، انتخابات پارلمانی را لغو و از سمت خود استعفا کرد. شورای نظامی، حکومت الجزایر را بدست گرفت و محمد بوضیاف را به سمت ریاست جمهوری منصوب کرد. بوضیاف پس از کشتار بیش از 100 هزار نفر از مخالفین لغو انتخابات، محاکمهٔ سران جبههٔ نجات اسلامی را که از سوی نظامیان، متهم به خشونت و تخریب شده بودند، با هدف آرام کردن جو جامعه، به تعویق انداخت که موجب شد به دست افسر محافظ خود ترور شود. پس از بوضیاف شورای نظامی، سرهنگ علی کافی را به ریاست جمهوری منصوب کرد. او محاکمهٔ سران اسلام‌گرا را پیگیری نمود که طی آن عباس مدنی و علی بلحاج به ۱۲ سال زندان محکوم شدند. پس از زندانی شدن آنها، یک دوره درگیری، میان اسلام‌گرایان و ارتش اتفاق افتاد که بیش از ۱۰ هزار کشته بر جای گذاشت. این کشتارهای بی‌رحمانه علیه مردم الجزایر، عملاً مورد تأیید غرب قرار گرفت و هیچ اعتراضی از سوی دول غربی را در بر نداشت.
ژنرال امین زروال که توسط شورای عالی نظامی در سال 1994 به ریاست جمهوری منصوب شد، عباس مدنی و علی بِلحاج را از زندان خارج و در خانه‌هایشان محصور کرد و از این طریق تلاش نمود به خشونت‌ها پایان داده و آشتی ملی را رقم بزند. او که سعی داشت چهرهٔ حکومت را دموکراتیک جلوه دهد، انتخابات آزاد را مطرح کرد. اما با حذف کلیهٔ کاندیداها به جز عبدالعزیز بوتفلیقه، حیات نظام دیکتاتوری را، در الجزایر، تداوم بخشید.